Jernej Amon Prodnik je izredni profesor na Katedri za novinarstvo na Fakulteti za družbene vede (Univerza v Ljubljani) in raziskovalec na Centru za raziskovanje družbenega komuniciranja na isti instituciji. Od 2014 do 2015 je bil zaposlen kot podoktorski raziskovalec na Inštitutu za komuniciranje in medije v okviru skupine za raziskovanje političnega komuniciranja PolCoRe (Fakulteta za družbene vede, Karlova univerza v Pragi, Češka), leta 2024 pa je bil gostujoči predavatelj na Institut für Medienwissenschaften (Univerza v Paderbornu, Nemčija).
Na Fakulteti za družbene vede je leta 2008 diplomiral na teoretsko-analitski smeri politologije, leta 2013 pa zagovarjal doktorsko disertacijo naslovljeno Politična ekonomija komuniciranja in strukturne transformacije kapitalizma (komunikologija). Leta 2015 je bil na FDV izvoljen v naziv docenta za področje komunikologije, leta 2025 pa v naziv izrednega profesorja. Od leta 2015 je vpet tudi v delovanje mednarodnega raziskovalnega centra Centre for the study of Democracy, Signification and Resistance – Desire.
Raziskovalno izhaja iz kritičnih komunikoloških pristopov, posebej pristopa politične ekonomije komuniciranja, pri čemer se raziskovalno ukvarja predvsem z aktualnimi procesi poblagovljenja, strukturnimi transformacijami kapitalizma in zgodovinskim razvojem novinarstva in medijev. Svoje raziskovanje navezuje tudi na tematike javnosti, javne sfere in proti-javnosti. Poleg omenjenega se raziskovalno ukvarja s širšim družbenim kontekstom tehnoloških sprememb in demokratičnih potencialov, ki jih omogočajo oziroma onemogočajo nove komunikacijske tehnologije. V tem kontekstu se je v preteklosti ukvarjal z vprašanji e-demokracije.
Svoje prispevke je objavljal v domačih in tujih znanstvenih revijah ter zbornikih, med drugim v znanstvenih revijah Critical sociology, Info, Javnost—the Public, Teorija in praksa, Medijska istraživanja, TripleC: Communication, Capitalism & Critique, Družboslovne razprave, Annales: Series historia et sociologia, eJournal of eDemocracy and open government, Prispevki za novejšo zgodovino, Hipertextos, Dialogues on Digital Society in pri mednarodnih založbah Palgrave, Routledge, Brill, Haymarket Books, University of Westminster Press in LabCom. Njegovi prispevki so bili prevedeni v španščino in turščino.
Svoj znanstveni prispevek je objavil tudi v posebni številki revije tripleC - Cognition, Communication, Co-operation (Vol. 10, No.2), ki sta jo uredila Christian Fuchs in Vincent Mosco, kasneje pa je v obsežnejši obliki izšlo tudi njegovo poglavje v znanstveni monografiji. Leta 2014 je izšla njegova prva monografija naslovljena Protislovja komuniciranja: h kritiki poblagovljenja v politični ekonomiji komuniciranja (Fakulteta za družbene vede). Istega leta je z Marisol Sandoval, Christianom Fuchsom, Sebastianom Sevignanijem in Thomasom Allmerjem uredil tematsko številko revije tripleC naslovljeno Philosophers of the world unite! Theorising digital labour and virtual work. V letu 2015 je s Sašom Slačkom souredil tematsko številko Časopisa za kritiko znanosti na temo politične ekonomije komuniciranja, dve leti kasneje pa je z njim uredil tudi tematsko sekcijo revije tripleC, ki je vključevala intervjuje z osrednjimi kritičnimi komunikologi. Z Igorjem Vobičem je leta 2017 uredil tematsko številko revije Medijska istraživanja naslovljeno Production in the Media and Journalism, z Moniko Kalin Golob pa leto kasneje tematsko sekcijo revije Teorija in praksa ob 150-letnici časopisa Slovenski narod. Leta 2025 je z Igorjem Vobičem uredil monografijo Novinarstvo na prelomnicah, ki je izšla ob 60-letnici študija novinarstva v Sloveniji. Njegovi teksti so dostopni na portalih ResearchGate in Academia.
Od leta 2013 je član uredniškega odbora revije tripleC: Communication, Capitalism & Critique in od leta 2016 prosto dostopne knjižne zbirke Critical digital and social media studies (University of Westminster Press). Od leta 2024 je član uredništva Dialogues on Digital Society (Sage). Med leti 2012 in 2021 je bil tudi član uredniškega odbora revije Časopis za kritiko znanosti, domišljijo in novo antropologijo. S svojimi prispevki je sodeloval na več kot tridesetih mednarodnih znanstvenih konferencah v Sloveniji in tujini.
Njegovo preteklo raziskovanje vključuje delo na Centru za e-demokracijo (Inštitut za ekologijo, Ljubljana), kjer je delal na aplikativnem raziskovalnem projektu o e-participaciji. Kot novinar je delal na časniku Večer in bil med soustanovitelji Koroškega regionalnega spletnega časopisa Bajta.