Jernej Amon Prodnik je docent na Katedri za novinarstvo na Fakulteti za družbene vede (Univerza v Ljubljani) in raziskovalec na Centru za raziskovanje družbenega komuniciranja na isti instituciji. Od 2014 do 2015 je bil zaposlen kot podoktorski raziskovalec na Inštitutu za komunikacijo in medije v okviru skupine za raziskovanje politične komunikacije PolCoRe (Fakulteta za družbene vede, Karlova univerza v Pragi, Češka). Na Fakulteti za družbene vede je leta 2008 diplomiral na teoretsko-analitski smeri politologije, leta 2013 pa zagovarjal doktorsko disertacijo naslovljeno Politična ekonomija komuniciranja in strukturne transformacije kapitalizma (komunikologija). Leta 2015 je bil izvoljen v naziv docenta za področje komunikologije. Od leta 2015 je vpet tudi v delovanje mednarodnega raziskovalnega centra Centre for the study of Democracy, Signification and Resistance – Desire (www.researchcenterdesire.eu).
Njegovi temeljni raziskovalni interesi so osredotočeni na kritično komunikologijo, posebej na pristop politične ekonomije komuniciranja, s poudarkom na aktualnih procesih poblagovljenja, strukturnih transformacijah kapitalizma in zgodovinskem razvoju medijev in novinarstva. Raziskovalno se ukvarja tudi s širšim družbenim kontekstom tehnoloških sprememb in demokratičnih potencialov, ki jih omogočajo oziroma onemogočajo nove komunikacijske tehnologije ter z zgodovinsko-družbenimi aspekti razvoja medijskih tehnologij. V tem kontekstu ga zanimajo tudi vprašanja povezana z e-demokracijo in e-participacijo ter potenciali novih družbenih gibanj (posebej pri uporabi novih informacijskih in komunikacijskih tehnologij), ukvarja pa se tudi z vprašanji javne sfere, javnosti in proti-javnosti. Njegovi širši raziskovalni interesi vključujejo vprašanja povezana s kritično politično teorijo.
Svoje prispevke je objavljal v domačih in tujih znanstvenih revijah ter zbornikih, med drugim v revijah Info, Javnost—the Public, Teorija in praksa, Medijska ostraživanja, TripleC: Communication, Capitalism & Critique in pri založbah Palgrave, Routledge, Brill in LabCom. Prispevek je objavil v posebni številki revije tripleC - Cognition, Communication, Co-operation (Vol. 10, No.2), ki sta jo uredila Christian Fuchs in Vincent Mosco, s svojimi prispevki pa je sodeloval tudi na več kot dvajsetih mednarodnih znanstvenih konferencah v Sloveniji in tujini. Leta 2014 je izšla njegova prva monografija naslovljena Protislovja komuniciranja: h kritiki poblagovljenja v politični ekonomiji komuniciranja (Fakulteta za družbene vede). Istega leta je z Marisol Sandoval, Christianom Fuchsom, Sebastianom Sevignanijem in Thomasom Allmerjem uredil tematsko številko revije tripleC naslovljeno Philosophers of the world unite! Theorising digital labour and virtual work - definitions, dimensions, and forms. V letu 2015 je s Sašom Slačkom souredil tematsko številko Časopisa za kritiko znanosti na temo politične ekonomije komuniciranja.
Od leta 2012 je član uredniškega odbora revije Časopis za kritiko znanosti, domišljijo in novo antropologijo, od leta 2013 pa revije tripleC: Communication, Capitalism & Critique.
Njegovo preteklo raziskovanje vključuje delo na Centru za e-demokracijo (Inštitut za ekologijo, Ljubljana), kjer je delal na aplikativnem raziskovalnem projektu o e-participaciji (so-financiran s strani ''Trust for Civil Society in CEE''). Kot novinar je delal na časniku Večer in bil med soustanovitelji Koroškega regionalnega spletnega časopisa Bajta.